Τα Π.Μ.Σ. αποσκοπούν στην περαιτέρω προαγωγή της επιστημονικής γνώσης και των τεχνών και στην προώθηση της έρευνας με συνεκτίμηση των αναγκών ανάπτυξης της Χώρας. Επίσης, στην εκπαίδευση επιστημόνων ικανών να συμβάλλουν στην έρευνα, στην παραγωγή, στην μετάδοση και στην εφαρμογή εξειδικευμένων γνώσεων και δεξιοτήτων, που έχει ανάγκη η σημερινή κοινωνία της γνώσης και της πληροφόρησης στα επιστημονικά πεδία που θεραπεύει το Ίδρυμα.
Τα Μεταπτυχιακά Προγράμματα συμπληρώνουν σε ανώτερο επίπεδο τις προπτυχιακές σπουδές ενός συγκεκριμένου γνωστικού αντικειμένου.